بهرام عین‌اللهی، وزیر بهداشت، در حکمی محمدباقر قالیباف و علیرضا زاکانی را به‌ عضویت هیئت‌ امنای دانشگاه علوم پزشکی تهران منصوب کرد. رئیس مجلس شورای اسلامی و شهردار تهران ابتدای آذر ۱۴۰۰ نیز با حکم محمدعلی زلفی‌گل، وزیر علوم، تحقیقات و فناوری، عضو هیئت‌ امنای دانشگاه تهران شده بودند.

وزیر بهداشت در حالی محمدباقر قالیباف و علیرضا زاکانی را به این سمت‌ها منصوب کرد که حکم پیشین وزیر علوم برای آنان با انتقادهای بسیار مواجه شد. در همان زمان، محمدعلی زلفی‌گل مدعی شده بود که انتخاب این دو نفر به‌عنوان اعضای جدید هیئت‌ امنای دانشگاه تهران به این دلیل است که دانشگاه «در مسیر رشد» قرار بگیرد.

با وجود توجیه و ادعای وزیر علوم، برخی اساتید دانشگاه عضو شدن سیاستمداران در هیئت‌ امنای دانشگاه را مساوی با زیر سوال بردن «آزادی دانشگاه» دانستند. مهرداد عربستانی، دانشیار دانشکده علوم اجتماعی دانشگاه تهران، در همین زمینه به خبرگزاری ایلنا گفت: «این موضوع باعث شد به یاد اصل مقوم و فراموش‌شده نهادهای آکادمیک یعنی آزادی آکادمیک بیفتم، اصلی آرمانی که ضامن انتخاب آزاد موضوع تحقیق و تدریس، پژوهش آزاد و البته روشمند، بیان آزاد و نقد آزاد و نظام‌مند در عرصه حیات دانشگاهی است، اصلی که تحقق آن با حضور سیاستمداران، از هر نوع، در راس نهاد دانشگاه، زیر سوال خواهد رفت.»

مقام‌های دولت ابراهیم رئیسی با انتصاب‌های فامیلی، غیرتخصصی و عجیب، صدای برخی نمایندگان مجلس را نیز درآورده‌اند. پیش‌تر، محمود احمدی بیغش، عضو کمیسیون امنیت ملی مجلس، در تذکری خطاب به ابراهیم رئیسی از «اتکای افراطی به مجموعه‌ای محدود» انتقاد کرده بود. اشاره این نماینده مجلس به انتصاب فارغ‌التحصیلان دانشگاه امام صادق در دولت بود. عباس جهانگیرزاده، نماینده مجلس نیز به انتصاب‌های فامیلی اعتراض کرد و گفت که به دو نفر از وزرای دولت رئیسی «تذکر جدی» داده شده است.

ابراهیم رئیسی پس از انتخابات، سامانه‌ای راه‌اندازی کرد با نام «یاران رئیسی» و مدعی شد که حتی مردم در انتخاب اعضای دولت نقش دارند. اما حالا، انتصاب‌های جدید وزرای او و تقسیم‌بندی مناصب میان افراد خاص و مشخص نشان می‌دهد که هیچ اراده‌ای برای استفاده از نظر مردم و بهره‌گیری از دانش و ظرفیت متخصصان وجود ندارد.